La agroecología, como disciplina científica, tiene un carácter transdisciplinario dado que abarca un amplio rango de disciplinas, conocimientos y saberes que hacen al sistema agroalimentario, incorpora los aspectos culturales y sociales e integra el marco teórico de las ciencias sociales con el de las ciencias naturales en su análisis. Así, el enfoque agroecológico considera la totalidad del fenómeno de la producción agropecuaria y, además de tener motivación cognitiva, también tiene interés en la acción o transformación de la realidad estudiada, por lo que pretende incidir en la transición de los sistemas productivos actuales hacia estados de mayor sustentabilidad.

Y desde lo metodológico, la agroecología incorpora una amplia diversidad de abordajes metodológicos (cuantitativos, cualitativos, mixtos) que actualmente van confluyendo hacia enfoques cada vez más integradores. Las investigaciones agroecológicas abordan los agroecosistemas como sistemas socio-ecológicos complejos, que abarcan un conjunto de elementos que no pueden ser estudiados en forma aislada. Esto tiene como consecuencia metodológica la premisa de tener en cuenta las características sociales y culturales de los actores sociales que tienen injerencia sobre los agroecosistemas.